Wszechswiat2007_7-9_Tykarski.pdf

190

Bioró¿norodnoœæ

Wszechœwiat, t. 108, nr 7-9/2007

Piotr TYKARSKI (Warszawa)

BAZY DANYCH I POZIOM ORGANIZMALNY BIORÓ¯NORODNOŒCI

Dane przyrodnicze — trochê historii…

logii roœlin i zwierz¹t, które wœród wielu dzie³ pozostawi³ po

sobie ten wybitny filozof. Arystoteles jako jeden z pierw-

szych, a na pewno najbardziej znany ze staro¿ytnych przy-

rodników, gromadzi³ wiedzê o organizmach w sposób me-

todyczny i stara³ siê je rozró¿niaæ na podstawie wielu cech,

grupowanych w rozmaite kategorie, co da³o pocz¹tek takso-

nomii. Dziêki kopiowaniu manuskryptów, t³umaczeniom na

³acinê i wspó³czesne jêzyki oraz wielokrotnym wznowie-

niom w postaci drukowanej jego prace przetrwa³y do dziœ.

Dokonania Filozofa s¹ istotne przede wszystkim dla-

tego, ¿e pozostawiona przez niego wiedza stanowi pew-

nego rodzaju system, uporz¹dkowany uk³ad informacji.

Dziêki swojej klarownoœci system ten sta³ siê przydatny dla

wielu póŸniejszych badaczy, którzy osi¹gniêcia Arystote-

lesa mogli rozwijaæ, udoskonalaæ i uzupe³niaæ nowymi od-

kryciami. Musia³o min¹æ dwa tysi¹ce lat, by powsta³o dzie³o

o równie istotnym wp³ywie na sposób myœlenia nastêpnych

pokoleñ. Mowa oczywiœcie o „Systema Naturae” szwedz-

kiego przyrodnika Linneusza, twórcy nowo¿ytnej takso-

nomii. Drugim wa¿nym spostrze¿eniem, nasuwaj¹cym siê

przy analizie historii dzie³ przyrodniczych Arystotelesa, jest

sam fakt ich wielokrotnego kopiowania. Jest to znakomity

Wiedza o gatunkach ¿yj¹cych na Ziemi gromadzona by³a

od samego pocz¹tku interesowania siê ludzi tym, co ich ota-

cza. Pocz¹tkowo zapewne mia³a ona przede wszystkim

u³atwiaæ przetrwanie — dotyczy³a tego, które gatunki s¹ ja-

dalne, które niebezpieczne, a które lecznicze. Zdobywano j¹

wielokrotnie i niezale¿nie w ró¿nych rejonach œwiata. Do

czasu pojawienia siê pisma mog³a byæ przekazywana je-

dynie ustnie, z pokolenia na pokolenie, i wygasa³a wraz z

zanikiem grupy, która j¹ posiad³a. Nie sposób wskazaæ mo-

mentu, kiedy zaczêto zbieraæ i utrwalaæ wiadomoœci przy-

rodnicze, które nie mia³y bezpoœredniego zastosowania

praktycznego. Tak siê jednak dzia³o, czego dowody mamy

w pracach staro¿ytnych filozofów. Oprócz gromadzenia i

utrwalania wiedzy w formie pisanej, zaczêto tak¿e ju¿ wte-

dy tworzyæ pierwsze zbiory okazów przyrodniczych prze-

znaczonych do studiowania natury. Jedn¹ z pierwszych

wielkich kolekcji by³ zapewne zbiór Arystotelesa z okresu

trwania jego Liceum (za³o¿onego ok. 335 r. p.n.e.). Nawet

jeœli jej istnienie nie jest dostatecznie mocno udokumento-

wane, to faktem s¹ bardzo bogate i wnikliwe traktaty o bio-

Wszechœwiat, t. 108, nr 7-9/2007

Bioró¿norodnoœæ

191

przyk³ad tego, ¿e cenne zbiory danych mog¹ przetrwaæ wie-

ki, choæ ich forma wspó³czesna daleko odbiega od oryginal-

nej. Arystoteles nie zna³ przecie¿ papieru i technologii druku,

a pisa³ i mówi³ staro¿ytn¹ grek¹.

zasobów genetycznych w populacji. Ogniwem ³¹cz¹cym te

skrajne aspekty jest osobnik i gatunek. Mo¿na wiêc mówiæ

o trzech sk³adowych, czy te¿ poziomach bioró¿norodnoœci:

wewn¹trzgatunkowym — molekularnym, gatunkowym —

organizmalnym oraz ponadgatunkowym — ekosystemo-

wym (ryc. 1). Do bioró¿norodnoœci rozumianej w ten spo-

sób znajdujemy odniesienia niemal we wszystkich dzia³ach

biologii, gdy¿ prawie ka¿dy rodzaj dyscypliny biologicznej

wi¹¿e siê z którymœ z jej poziomów. Najczêœciej jednak po-

jêcie to zawê¿a siê do poziomu organizmalnego.

…iwspó³czesnoœæ

Od czasów Linneusza nauki przyrodnicze nabra³y cha-

rakteru wiedzy uporz¹dkowanej, która wraz z up³ywem lat

zaczê³a przyrastaæ w coraz wiêkszym tempie. Wspó³czesna

taksonomia w dalszym ci¹gu wykorzystuje za³o¿enia

szwedzkiego badacza i nadal pe³ni rolê szkieletu spi-

naj¹cego wszystkie dziedziny biologii. Pierwotne jednostki

systematyczne (gromada, rz¹d, rodzina, rodzaj, gatunek,

odmiana 1 ) musia³y zostaæ uzupe³nione o dodatkowe i poœ-

rednie, pozwalaj¹ce lepiej odwzorowaæ skomplikowany,

hierarchiczny uk³ad, porz¹dkuj¹cy bogactwo form ¿ycia.

Rozwój nauk biologicznych wymusza ci¹g³e zmiany w po-

dziale systematycznym organizmów, tak aby jak najlepiej

oddawaæ pokrewieñstwa pomiêdzy nimi. I choæ wiadomo,

¿e jest to uk³ad sztuczny i niedoskona³y, wymagaj¹cy nie-

ustannych poprawek, to na ca³ym œwiecie uznaje siê go jako

podstawê, której wygodniej u¿ywaæ ni¿ alternatywnych

propozycji ujêcia wy¿szych kategorii taksonomicznych,

opartych np. na za³o¿eniach kladystyki 2 .

Istnienie systemu taksonomicznego jest niezbêdne przy

wszelkich próbach odwzorowania zjawisk przyrodniczych.

Dane uzyskane w wynikach jakichkolwiek badañ odnosz¹

siê przecie¿ do konkretnych organizmów, a te zawsze na-

le¿¹ do jakiegoœ gatunku, nawet jeœli nie zosta³ on jeszcze

opisany i nie posiada nazwy. Wy¿sze jednostki taksono-

miczne s¹ wzglêdne i podlegaj¹ zmianom, bêd¹c jedynie

obrazem hierarchii pokrewieñstw. Gatunki natomiast ist-

niej¹ realnie, jako populacje osobników mog¹cych krzy¿o-

waæ siê miêdzy sob¹, izolowane rozrodczo od innych popu-

lacji i zajmuj¹ce okreœlon¹ niszê ekologiczn¹ 3 . Niezale¿nie

od tego, czy mówimy o przep³ywie energii przez ekosystem

czy o translacji genów mitochondrialnych, to opisywane

zjawiska wi¹¿¹ siê z okreœlonymi gatunkami.

Dochodzimy tu do definicji pojêcia bioró¿norodnoœci

(p. artyku³ „K³opoty z bioró¿norodnoœci¹” w tym zeszycie).

Jest to termin stosunkowo nowy, powsta³y pod koniec XX

w., gdy zdano sobie sprawê z szybkiego tempa utraty zaso-

bów przyrodniczych, skutkuj¹cego znikniêciem wielu ga-

tunków i nieodwracalnym spadkiem ró¿norodnoœci form

wykszta³conych przez miliony lat ewolucji. Pojêcie to ma

szerokie znaczenie, odnosz¹c siê zarówno do zró¿-

nicowania biocenoz i ekosystemów, jak i bogactwa alleli i

Ryc. 1. Poziomy bioró¿norodnoœci i powi¹zane z nimi

kategorie danych

Iloœæ informacji gromadzonych ka¿dego dnia przez nau-

kowców zajmuj¹cych siê naukami przyrodniczymi jest tak

du¿a, ¿e dawno ju¿ przesta³a siê mieœciæ na kartkach pa-

pieru; czêsto zreszt¹, a mo¿e nawet ju¿ z regu³y, do zapisu

bezpoœrednich wyników badañ konieczne jest zastosowanie

innych noœników informacji. Najpopularniejszymi dziœ

œrodkami do przechowywania i przetwarzania danych s¹

oczywiœcie komputery i programy komputerowe. Z uwagi

na iloœæ i stopieñ komplikacji informacji, które gromadzi-

my, potrzebne s¹ odpowiednie narzêdzia do sprawnego

zarz¹dzania i wykorzystania danych. Elektroniczne bazy

danych zaczêto wykorzystywaæ w naukach przyrodniczych

ju¿ w latach szeœædziesi¹tych XX w., ale obecnie ich zna-

czenie i zakres zastosowañ znacznie wzros³y. Upow-

szechnienie siê Internetu otworzy³o drogê do nowej dzie-

dziny — wykorzystania sieci komputerowych do wymiany

i ³¹czenia informacji o bioró¿norodnoœci pochodz¹cych z

ró¿nych Ÿróde³. To, co kiedyœ by³o w sferze marzeñ przy-

rodników — ³atwy i szybki dostêp do specjalistycznej wie-

dzy — dziœ staje siê faktem. Postêpy informatyki w zakresie

metod umo¿liwiaj¹cych opracowywanie i analizê danych z

zakresu poziomu organizmalnego bioró¿norodnoœci s¹ tak

znaczne, ¿e zaczêto u¿ywaæ okreœlenia, który nie ma jesz-

cze polskiego odpowiednika — „biodiversity informatics”.

Istniej¹cy ju¿ termin „bioinformatyka” stosowany jest z

regu³y w odniesieniu tylko do danych z poziomu moleku-

larnego. Uzasadnione wiêc wydaje siê rozszerzenie go rów-

Pierwotne, linneuszowskie znaczenie tej kategorii zosta³o zast¹pione bardziej œcis³ym pojêciem podgatunku. Wspó³czeœnie

odmiana jest jednostk¹ umown¹, stosowan¹ zwykle na okreœlenie barwnych lub hodowlanych form gatunku.

Kladystyka — kierunek w taksonomii, w którym podstawowym za³o¿eniem jest, ¿e w trakcie ewolucji gatunek w momencie

ró¿nicowania siê rozdziela siê na dwa potomne. W zwi¹zku z tym pochodz¹ce od nich grupy gatunków s¹ w stosunku do

siebie grupami siostrzanymi o tej samej randze. Z tego punktu widzenia wiêkszoœæ wy¿szych jednostek taksonomicznych

okazuje siê nierównocenna. Np. ptaki s¹ grup¹ siostrzan¹ dla czêœci dinozaurów, bo dane paleontologiczne wskazuj¹, ¿e

wywodz¹ siê z tej grupy. Jeœli wiêc potraktowaæ gady jako zbiór gatunków pochodz¹cych od jednego przodka, obejmuj¹cy

m.in. ¿ó³wie, ³uskonoœne i hatterie, to nale¿a³oby do nich w³¹czyæ tak¿e ptaki. Do tego podejœcia nie przystaje tradycyjny

podzia³ krêgowców na piêæ gromad.

Nie ma prostej i doskona³ej definicji gatunku. Przytoczona powy¿ej to wspó³czesna, sformu³owana przez Ernsta Mayra w

1982 r. Najwiêcej problemów sprawiaj¹ organizmy jednokomórkowe, które mog¹ rozmna¿aæ siê bezp³ciowo, oraz roœliny,

których gatunki o wiele czêœciej siê krzy¿uj¹ ni¿ zwierzêta, daj¹c p³odne potomstwo. Nie zmienia to faktu, ¿e w ogromnej

wiêkszoœci przypadków koncepcja gatunku sprawdza siê bardzo dobrze.

192

Bioró¿norodnoœæ

Wszechœwiat, t. 108, nr 7-9/2007

nie¿ na wy¿sze szczeble organizacji œwiata ¿ywego (ram-

ka 1).

dzia³ania bazy relacyjnej w stosunku do tabel takich jak ar-

kusz kalkulacyjny. Zasadnicza ró¿nica polega na tym, ¿e tu

jednostk¹ informacji jest nie wartoœæ w pojedynczej komór-

ce, ale od razu ca³y wiersz wraz ze wszystkimi polami.

Usuniêcie informacji oznacza czêsto usuniêcie ca³ego re-

kordu. Jeœli dane w tabeli sortujemy wed³ug wartoœci w ja-

kimœ polu (kolumnie), aby u³o¿yæ je np. w porz¹dku alfabe-

tycznym, sortowane s¹ od razu ca³e rekordy, a nie tylko wy-

brane pole.

Zapytania do bazy daj¹ mo¿liwoœæ ogl¹dania tych sa-

mych danych w ró¿nych uk³adach, tworzenia b³yskawi-

cznych podsumowañ itp., co w standardowym arkuszu kal-

kulacyjnym wymaga znacznie wiêcej czasu i pracy. Pod-

czas gdy w arkuszu uk³ad tabeli jest powi¹zany z jej treœci¹ i

zmiana kolejnoœci wierszy czy kolumn mo¿e ³atwo

wp³yn¹æ na obliczenia, to w bazie relacyjnej realizowane

jest rozdzielenie warstwy danych od warstwy obliczeñ.

Tak¹ bazê mo¿na wyobraziæ sobie jako wielowymiarow¹

„chmurê informacyjn¹”, na któr¹ mo¿emy patrzeæ z ró¿-

nych stron poprzez stosowanie widoków (ryc. 3). Widok

„sp³aszcza” bazê do ustalonej w zapytaniu liczby wymia-

rów, pozwalaj¹c przy okazji na obliczenia. Wynik zapyta-

nia odpowiada temu, co dostêpne jest w klasycznym arku-

szu kalkulacyjnym, jednak nie wp³ywa na strukturê danych

w bazie.

Poprawnie zbudowana baza (ramka 2) daje u¿ytkowni-

kowi du¿e mo¿liwoœci. Przechowywanie danych ró¿nych

kategorii w ró¿nych tabelach sprawia, ¿e o wiele ³atwiej jest

zachowaæ porz¹dek i unikn¹æ b³êdów. Mechanizm relacji i

mo¿liwoœæ „dowi¹zywania” nowych tabel oznacza, ¿e

³atwo mo¿na kojarzyæ ze sob¹ ró¿ne informacje i rozszerzaæ

bazê o nowe zasoby. Z kolei sprawne narzêdzia wybierania

i manipulacji rekordami, jakimi s¹ kwerendy, pozwalaj¹ na

b³yskawiczne wyszukiwanie danych w oparciu o zadane

kryteria, czyli wartoœci pól w powi¹zanych rekordach.

Ramka1—Definicjabioinformatyki

„Badania, rozwijanie oraz zastosowania narzêdzi i

metod obliczeniowych w celu szerszego wykorzystania

danych biologicznych, medycznych, behawioralnych i

dotycz¹cych zdrowia, w³¹czaj¹c w to metody uzyskiwa-

nia, przechowywania, organizowania, archiwizowania,

analizy i wizualizacji takich danych.”

orygina³: Research, development, or application of

computational tools and approaches for expanding the use

of biological, medical, behavioral or health data, including

those to acquire, store, organize, archive, analyze, or

visualize such data.

Ÿród³o: Working Definition of Bioinformatics and

Computational Biology — July 17, 2000, National Insti-

tute of Health (USA), www.bisti.nih.gov

Trochê szczegó³ów technicznych

Czym jest „baza danych”? Okreœlenie to jest czêsto na-

du¿ywane i nie do koñca w³aœciwie interpretowane. W po-

tocznym znaczeniu tak¹ nazwê mo¿e otrzymaæ ka¿dy ro-

dzaj zbioru informacji, zw³aszcza gdy ma uk³ad katalogu

lub tabeli. Zdarza siê wiêc, ¿e miano bazy danych uzyskuj¹

np. wykazy gatunków zapisane w postaci kolejnych linii

tekstu (ryc. 2A). O wiele bli¿szy bazie danych w ujêciu in-

formatycznym jest zbiór informacji przechowywanych w

formie arkusza kalkulacyjnego (np. w popularnym pro-

gramie MS Excel), daj¹cego du¿¹ wygodê w organizowa-

niu i analizie danych (ryc. 2B). Mo¿liwoœci programów

tego typu znacznie u³atwiaj¹ ujednolicenie formatu zapisu,

kopiowanie i operacje na ca³ych blokach informacji.

W pe³ni funkcjonalna baza danych to jednak coœ wiêcej.

Choæ nie ma jednej powszechnie przyjêtej definicji bazy da-

nych, a rodzajów aplikacji jest wiele, to zdecydowan¹ wiê-

kszoœæ z nich ³¹czy fakt istnienia okreœlonej struktury da-

nych. Typem bazy, który najbardziej siê upowszechni³ i

mo¿e stanowiæ wspania³e narzêdzie wspieraj¹ce pracê w

dziedzinach takich jak nauki przyrodnicze, s¹ bazy relacyj-

ne. Prostsze i ³atwiejsze do opanowania dla osób bez przy-

gotowania informatycznego s¹ np. MS Access, OpenOffi-

ce.org Base czy Kexi (te dwie ostatnie to produkty dar-

mowe, typu open source ). Do bardziej zaawansowanych,

du¿o potê¿niejszych systemów nale¿¹ miêdzy innymi

PostgreSQL, MySQL, Oracle.

Oto zasadnicze cechy takiej bazy:

Dane zorganizowane s¹ w formie tabel, wzajemnie ze

sob¹ powi¹zanych. Powi¹zania te nazywamy relacjami

(ryc. 2C).

Podstawow¹ jednostk¹ informacji, z których sk³ada siê

tabela, jest rekord, czyli wiersz, w którym dane porozdziela-

ne s¹ na poszczególne pola, widoczne jako kolumny.

Do obliczeñ, analiz i wyœwietlania danych w ró¿nych

uk³adach s³u¿¹ tzw. zapytania (inaczej kwerendy, od ang.

query , lub widoki, od view ), umo¿liwiaj¹ce operacje na

wszystkich jednoczeœnie lub wybranych wed³ug zadanych

kryteriów rekordach tabeli (ryc. 2D, 3).

Najistotniejsze dla sprawnego pos³ugiwania siê tym na-

rzêdziem jest przyswojenie sobie odmiennej „filozofii”

Ramka 2 — Cechy dobrze skonstruowanej bazy

danych

— Rekordy w tabeli nie powinny siê powtarzaæ; to

oznacza, ¿e przynajmniej jedno pole powinno zawieraæ

wartoœci unikalne, wystêpuj¹ce tylko w jednym rekordzie.

Takie pole nosi nazwê klucza pierwotnego (ang. primary

key ) – np. identyfikator (zwykle unikalny numer) gatunku

w liœcie nazw gatunkowych

— Poszczególne tabele powi¹zane s¹ ze

sob¹ poprzez odnoœniki, zwykle w formie wartoœci licz-

bowych, wskazuj¹ce na zwi¹zane ze sob¹ rekordy. Od-

noœnikiem do rekordów w innej tabeli s¹ wartoœci klucza

pierwotnego, które w tabeli powi¹zanej nosz¹ nazwê klu-

cza obcego (ang. foreign key ) – np. odnoœnik do tabeli z

nazwami gatunków w tabeli obserwacji terenowych. Ta-

kie powi¹zania nosz¹ nazwê relacji

— Ka¿da tabela przechowuje inn¹ kategoriê danych

(np. lista gatunków, typy habitatów, wyniki pomiarów ba-

danych osobników danego gatunku)

— W tabeli powinno byæ jak najmniej pustych pól.

Jeœli jest ich du¿o, to mo¿e oznaczaæ, ¿e dane pole po-

winno byæ wydzielone do osobnej tabeli

Tworzenie baz danych i zwi¹zana z nim metodologia

wykracza poza obszar wiedzy czysto technicznej, bo doty -

Ryc. 2. Przyk³adowy zbiór obserwacji ptaków leœnych zapisany w ró¿nych formatach. Warto zwróciæ uwagê, ¿e zachowana zostaje oryginalna kolejnoœæ (numer) obserwacji; s¹ to informacje dodatkowe o

charakterze metadanych (informacja o informacji), jednak nie nale¿y ich traciæ. A — tekst, w uk³adzie zbli¿onym do formy zapisu w terenie, wg ustalonego szablonu. B — arkusz kalkulacyjny — forma

czytelniejsza i ³atwiejsza w obróbce; zwraca uwagê koniecznoœæ utworzenia dodatkowej tabeli dla danych o miejscach obserwacji. C — jeden z mo¿liwych uk³adów tych samych danych w bazie relacyjnej; trzy

tabele dla trzech typów danych, po³¹czone relacjami. W tabeli nazw gatunkowych i miejscowoœci nie ma powtórek, a w tabeli obserwacji pustych pól. D — wirtualna tabela — wynik zapytania do bazy (kwerendy),

zestawiaj¹cego dane ze wszystkich trzech tabel i podaj¹cego wszystkie dane wi¹¿¹ce siê z poszczególnymi obserwacjami. Sortowanie rekordów w tabeli jest ca³kowicie dowolne — w tym wypadku wykonano je

wg pól nr_porz (numer obserwacji w terenie) i ID_obs (numer obserwacji w bazie).

194

Bioró¿norodnoœæ

Wszechœwiat, t. 108, nr 7-9/2007

czy nie tylko sposobów wydajnego zarz¹dzania informacj¹,

ale tak¿e podsuwa rozwi¹zania mog¹ce zwiêkszyæ mo¿li-

woœci analizowania otaczaj¹cej nas przyrody. Bazy danych

z jednej strony zmniejszaj¹ iloœæ pracy niezbêdn¹ do groma-

dzenia informacji i u³atwiaj¹ ich wykorzystanie, a z drugiej

strony pozwalaj¹ rozszerzyæ ich zakres, tworz¹c po³¹czenia

pomiêdzy ró¿nymi dziedzinami.

Warto zwróciæ uwagê, ¿e „z punktu widzenia” systemu

komputerowego nie ma znaczenia, czy rekord pochodzi z

muzealnej kolekcji owadów, arkusza zielnikowego w her-

barium czy z bazy obserwacji ptaków. Wszystkie trzy pod-

stawoweelementys¹obecne—mo¿nagowiêcumiej-

scowiæ w czasie i przestrzeni, a tak¿e wiadomo, jakiego or-

ganizmu dotyczy. Ró¿na jest oczywiœcie waga takich da-

nych. Rekordy zwi¹zane z kolekcjami maj¹ to do siebie, ¿e

mo¿na zwykle sprawdziæ poprawnoœæ oznaczenia; okaz jest

w takim przypadku dowodem rzeczowym. Tego elementu

na ogó³ brak danym o charakterze obserwacyjnym, o ile nie

istnieje dokumentacja dodatkowa w postaci zdjêcia, nota-

tek, czy nagrania dŸwiêkowego.

Celem GBIF jest doprowadzenie do tego, aby jak naj-

wiêcej zasobów informacji o bioró¿norodnoœci, rozproszo-

nych na œwiecie, by³o dostêpnych dla u¿ytkowników In-

ternetu w jednym systemie, bêd¹cym w stanie wysy³aæ za-

pytania do rozproszonych baz i przedstawiaj¹cymodpowie-

dzi w syntetycznej formie. Jest to niew¹tpliwie idea szczyt-

na i mog¹ca przynieœæ wiele po¿ytku nie tylko nauce.

Wi¹¿¹ siê z ni¹ problemy natury politycznej, sprawa prze-

strzegania praw autorskich dostarczycieli danych i sporo in-

nych, czysto technicznych. Wiêkszoœæ z nich ju¿ doczeka³a

siê rozwi¹zania lub nast¹pi to wkrótce.

Jednak d³ugo jeszcze bêdzie aktualny problem niedobo-

ru samych danych, istoty ca³ego systemu. Choæ nowe dane

Ryc. 3. Baza z ryc. 2C jako wielowymiarowa „chmura

informacji” ogl¹dana za pomoc¹ zapytañ, sp³aszczaj¹cych

dane do prostych tabel przedstawiaj¹cych sumaryczn¹ liczbê

obserwowanych ptaków w ró¿nych ujêciach

Ramka 3 — Polecane strony internetowe:

— www.gbif.org — Global Biodiversity Information

Facility — sieæ o zasiêgu œwiatowym, zapewniaj¹ca dos-

têp do danych o rozmieszczeniu i taksonomii gatunków z

ca³ego œwiata

— www.ksib.pl — Krajowa Sieæ Informacji o Bio-

ró¿norodnoœci — polska organizacja wspó³pracuj¹ca z

GBIF, udostêpniaj¹ca dane pochodz¹ce z krajowych oœ-

rodków

— www.faunaeur.org — Fauna Europaea — baza

taksonomiczna europejskich gatunków zwierz¹t l¹do-

wych i s³odkowodnych

— www.marbef.org/data/erms — European Register

of Marine Species — baza taksonomiczna europejskich

gatunków zwierz¹t morskich

— www.emplantbase.org — Euro+Med PlantBase

— baza taksonomiczna europejskich gatunków roœlin

— www.speciesfungorum.org/Names/Names.asp —

Index Fungorum— baza taksonomiczna grzybów ca³ego

œwiata

— www.species2000.org — Species 2000 — baza

taksonomiczna gromadz¹ca dane z wielu Ÿróde³ do-

tycz¹cych wszystkich grup organizmów — jeden z

fundamentów Elektronicznego Katalogu ¯ycia ( Elect-

ronic Catalogue of Life )

— www.fishbase.org — FishBase — dobry przyk³ad

bazy dotycz¹cej wszelkich aspektów biologii i biogeo-

grafii wybranej du¿ej grupy organizmów — ryb

— www.tolweb.org — Tree of Life — strona pro-

jektu poœwiêconego taksonomii wszystkich grup organiz-

mów, zmierzaj¹cego do zebrania i aktualizacji wszelkich

mo¿liwych informacji o pokrewieñstwach form ¿ycia na

Jak wygl¹da typowa baza danych dotycz¹ca bioró¿no-

rodnoœci poziomu organizmalnego? Nie ma jednego ustalo-

nego standardu i zapewne nigdy go nie bêdzie, bo ka¿dy au-

tor stosuje w³asne metody i gromadzi odmienne informacje,

dostosowuj¹c uk³ad treœci do swoich potrzeb. Niemniej

wiêkszoœæ tego typu danych zawiera przynajmniej trzy

wspólne komponenty: informacjê o gatunku, miejscu i cza-

sie, w którym go zarejestrowano. Mówi¹c w skrócie, od-

powiada na pytania: „co? gdzie? kiedy?”. Niezale¿nie od

przeznaczenia danej bazy oraz innych przechowywanych w

niej informacji, te trzy elementy s¹ z regu³y obecne. Ró¿ny

bywa natomiast stopieñ ich dok³adnoœci.

Ustalony schemat struktury informacji jest podstaw¹

umo¿liwiaj¹c¹ ³¹czenie danych z ró¿nych Ÿróde³ w jeden,

wiêkszy system. Od momentu powstania Internetu idea ta

by³a wielokrotnie wykorzystywana do tworzenia standa-

rdów wymiany informacji o bioró¿norodnoœci i podejmo-

wania mniej lub bardziej udanych prób budowania opartych

o nie sieci komputerowych. Wœród istniej¹cych obecnie,

sieci¹ o najwiêkszym zasiêgu, maj¹c¹ du¿e zas³ugi w

upowszechnianiu siê tych rozwi¹zañ, jest GBIF ( Global

Biodiversity Information Facility — www.gbif.org). £¹czy

ona dane pochodz¹ce z wielu instytucji naukowych i orga-

nizacji na ca³ym œwiecie. Rekordy informacji dostêpne po-

przez Portal GBIF pochodz¹ z wielu ró¿nego typu baz, roz-

proszonych w ró¿nych miejscach i maj¹cych rozmait¹ bud-

owê i funkcjê (wiêcej o podstawach dzia³ania sieci wy-

miany informacji w artykule „Bioró¿norodnoœæ Ziemi —

wspólna sprawa, wspólne dzia³anie…”). Poniewa¿ jednak

wszystkie u¿ywaj¹ tego samego uk³adu danych „na wyjœ-

ciu”, mo¿liwe jest ³¹czenie informacji pochodz¹cych od

wielu dostarczycieli (ang. data providers ).

Ziemi

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika: