Wykład 4.pdf

(730 KB) Pobierz
Microsoft PowerPoint - W4_09.ppt
Zagadnienia omawiane na wykładzie
1. Modelowanie molekularne – wprowadzenie
2. Oddziaływania mi ħ dzyatomowe w układzie molekularnym:
a. posta ę funkcji potencjału opisuj Ģ cej oddziaływania
b. parametry funkcji potencjału opisuj Ģ cej oddziaływania
c. wymiar problemu i stosowane przybli Ň enia
3. Optymalna struktura układu molekularnego
a. metody minimalizacji funkcji potencjału – problem
lokalnego minimum
4. Dynamiczne zachowanie układu molekularnego
a. symulacja dynamiki molekularnej – rozwi Ģ zanie równania
ruchu dla ka Ň dego atomu w układzie
b. symulacja dynamiki molekularnej – wymiar problemu i
stosowane przybli Ň enia
1
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
 
Wykład IV
Dynamiczne zachowanie układu molekularnego
1. Symulacja dynamiki molekularnej – równanie Newtona
a. obliczanie siły działaj Ģ cej na ka Ň dy atom
2. Czas – jedyna zmienna niezale Ň na równania ruchu
3. Numeryczne rozwi Ģ zanie równania Newtona
4. Trajektoria układu
a. iteracyjne obliczanie poło Ň e ı (i pr ħ dko Ļ ci) atomów
b. pocz Ģ tkowe poło Ň enia i pr ħ dko Ļ ci atomów
5. Krok czasowy
a. wymiar problemu
b. wydłu Ň enie kroku czasowego – zamro Ň enie ruchów
c. algorytm SHAKE
2
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
 
Funkcja potencjału
E
(
R
)
=
Ã
K
(
b
−
b
)
2
+
Ã
K
(
q
−
q
)
2
+
Ã
V
1
+
cos(
n
j
j
)
pot
b
0
q
0
2
0
b
q
j
Ç
Ä
r
*
Ô
12
Ä
r
*
Ô
6
×
q
q
Ã
Å
Õ
Å
Õ
Ã
+
e
È
É
−
2
Ø
Ù
+
i
j
È
r
r
Ø
e
r
Æ
Ö
Æ
Ö
i
<
j
ij
ij
i
<
j
ij
Funkcja potencjału układu molekularnego jest sum Ģ
wszystkich oddziaływa ı (wi ĢŇĢ cych i niewi ĢŇĢ cych) jakie
zdefiniowali Ļ my w układzie
3
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
C
[
−
]
n
352969966.001.png 352969966.002.png
Jak mo Ň emy wykorzysta ę zdefiniowan Ģ funkcj ħ potencjału?
4
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
 
Jak mo Ň emy wykorzysta ę zdefiniowan Ģ funkcj ħ
potencjału?
Do optymalizacji struktury układu molekularnego (Mechanika
Molekularna – Molecular Mechanics )
Do generowania dynamicznego zachowania układu (Symulacja
Dynamiki Molekularnej – Molecular Dynamics Simulation )
5
M. Pasenkiewicz-Gierula, IIR BT, 2009/10 WBBiB UJ
 

Plik z chomika:

Inne pliki z tego folderu:

Inne foldery tego chomika:

Zgłoś jeśli naruszono regulamin